L'église originelle de Santeny remonte sans doute au XIIIème siècle, placée sous la protection de Saint Germain d'Auxerre. Elle fut fort longue à terminer puisque, selon certains historiens, sa dédicace ne daterait que du XVème siècle. Un document dressé en 1712 révèle les plans de l'église primitive, du cimetière attenant, du presbytère et des dépendances.
Au XIXème siècle, l'église menace de tomber en ruine. En 1879, Madame Amélie BRAC de la PERRIERE déclare prendre à sa charge la totalité des frais de restauration de l'église et du presbytère. Ce fut une véritable reconstruction. Les travaux commencèrent en 1880 et la nouvelle église fut consacrée le 21 octobre 1881.
A l'intérieur le visiteur peut admirer, dans le collatéral nord, une Vierge à l'Enfant attribuée aux ateliers parisiens du XIVème siècle. La polychromie date du XIXème siècle.
Vitrail de Saint Nicolas. Cette verrière, la première à partir de l'entrée du côté nord de la nef, relate des épisodes de la vie de Saint Nicolas. Elle nous vient en partie de l'église première. Déposée lors de la reconstruction de l'église, certains de ses éléments ont disparus pendant des travaux. Lors du remontage, des ajouts modernes ont complété les fragments anciens datant des années 1220-1225.
Santeny apporte donc un témoignage majeur sur l'évolution du vitrail au début du XIIIème siècle.
Le baptistère date de la reconstruction de l'église et témoigne de l'art sulpicien au XIXème siècle.
La statue de Sainte Thérèse de l'Enfant Jésus qui se trouve dans le côté nord de la nef, prés de la porte du clocher, a été offerte par le Grand-Duc Nicolas de Russie, oncle du Tsar Nicolas II, qui a séjourné quelques années au château de Choigny après la révolution d'octobre 1917.
Le clocher de Santeny ne possède plus qu'une cloche pour sonner la volée et le glas. L'ancienne église en comportait trois, mais en 1880 deux ont été descendues et converties en pièces de 5 centimes.
L'inscription portée sur la cloche actuelle, rescapé à la fonte, remonte à 1683.Elle est nommée Germaine-Marguerite; son parrain est Maître Edmée Buchon, marchand, sa marraine Marguerite Colignon, épouse d'Etienne Nouette, seigneur d'Ormoy et de Montanglos. Elle est accordée en ré.
Le bâti de cette cloche a été remplacé vers 1990; à cette occasion, la cloche a été tournée d'un quart de tour pour changer le point de frappe du battant et ainsi prolonger la vie de Germaine-Marguerite qui rythme les heures et sonne l'Angélus à midi.
